Développement d’une application web pour traiter et stocker les données d’histologie Raman stimulée

Développement d’une application web pour traiter et stocker les données d’histologie Raman stimulée

Contexte : L’histologie joue un rôle crucial dans le diagnostic des tumeurs cérébrales, car elle implique l’extraction et l’analyse d’un échantillon de tissu. La méthode pour l’analyse des biopsies est la coloration à l’hématoxyline et à l’éosine (H&E), qui aide les experts à identifier les tissus cancéreux, mais qui peut prendre beaucoup de temps [1]. Une technique alternative, plus rapide, appelée Histologie Raman Stimulée (SRH) est apparue, produisant des images comparables à la coloration H&E [2].  Cette technique permet d’imager les liaisons chimiques CH2 et CH3, et la soustraction de ces deux canaux (CH3-CH2) est utilisée pour mettre en évidence les noyaux des tissus. Ces images sont ensuite traitées, assemblées et mises en correspondance avec un code couleur de type H&E à l’aide d’outils de colorisation virtuel [3, 4].

Missions : Le candidat devra modifier et améliorer une application web existante qui effectue les différent traitement aux images brutes afin de générer des images SRH de haute qualité. La tâche principale consiste à concevoir et à construire une nouvelle application robuste axée uniquement sur la coloration virtuelle en garantissant des performances et une réactivité élevée.

Compétences

• Développement d’applications web, en particulier dans le domaine de l’analyse d’images ou dans des domaines connexes
• Maîtrise des technologies frontales et dorsales (par exemple, HTML, CSS, JavaScript, Python)
• Expérience avec SQL ou un autre système de gestion de base de données (MongoDB)
• Expérience avec des bibliothèques de traitement d’images (par exemple, OpenCV, Scikit-image)
• Appétence pour la résolution de problèmes informatiques et souci du détail
• Forte aptitude de communication et travail en équipe

Lieu du stage : Institut Fresnel, 52 Av. Escadrille Normandie Niemen 13013 Marseille

Contacts : Rémi ANDRE, remi.andre@fresnel.fr – Julien WOJAK, julien.wojak@fresnel.fr; – Hervé RIGNEAULT

Profil du candidat : Étudiant de Bac+2 à Bac+5 en informatique ayant un fort intérêt pour le développement web

Période et durée du stage: A définir en fonction du profil du candidat

 

Références Biblio :
[1] Feldman, A.T., Wolfe, D. (2014). Tissue Processing and Hematoxylin and Eosin Staining. In: Day, C. (eds) Histopathology. Methods in Molecular Biology, vol 1180. Humana Press, New York, NY. https://doi.org/10.1007/978-1-4939-1050-2_3
[2] Barbara Sarri, Flora Poizat, Sandro Heuke, Julien Wojak, Florence Franchi, Fabrice Caillol, Marc Giovannini, and Herve Rigneault, « Stimulated Raman histology: one to one comparison with standard hematoxylin and eosin staining, » Biomed. Opt. Express 10, 5378-5384 (2019)
[3] Giacomelli MG, Husvogt L, Vardeh H, Faulkner-Jones BE, Hornegger J, Connolly JL, et al. (2016) Virtual Hematoxylin and Eosin Transillumination Microscopy Using Epi-Fluorescence Imaging. PLoS ONE 11(8): e0159337. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0159337
[4] Romain Appay, Barbara Sarri, Sandro Heuke, Sébastien Boissonneau, Chang Liu, Etienne Dougy, Laurent Daniel, Didier Scavarda, Henry Dufour, Dominique Figarella-Branger, and Hervé Rigneault. Live Stimulated Raman Histology for the Near-Instant Assessment of Central Nervous System Samples. The Journal of Physical Chemistry B 2023 127 (16), 3624-3631 DOI: 10.1021/acs.jpcb.3c01156